O primeiro Transplante de Medula Óssea do HSP foi realizado em 1993, sob a orientação do Prof. Dr. José Salvador Rodrigues de Oliveira, após o seu retorno do pós-doutorado em transplante de medula óssea pela Univ. de Washington- FRCRC-Seattle-USA (1990-1992).
Em 12 de abril de 2012, o reitor da Unifesp, Prof. Dr. Walter Manna Albertoni, e o diretor superintendente do Hospital São Paulo (HSP/Unifesp), Prof. Dr. José Roberto Ferraro, receberam o prefeito de São Paulo, Gilberto Kassab, e a presidente da Fundação Salvador Arena, Regina Celi Venâncio, para a inauguração da nova Unidade de Hematologia e Transplante de Medula Óssea do HSP/UNIFESP.
Totalmente revitalizada e modernizada, a nova unidade do hospital universitário segue os quesitos de qualidade, acessibilidade, conforto e segurança aos pacientes e profissionais de saúde, oferecendo 18 leitos em seus 440 metros quadrados, sendo oito leitos para o serviço de Transplante de Medula Óssea e 10 de internação na área de Hematologia.
O empreendimento faz parte do Programa de Modernização do HSP e foi possível graças ao apoio financeiro da Fundação Salvador Arena (http://www.hospitalsaopaulo.org.br/noticias).
Em 2019, o Serviço passou a ser coordenado pelo Prof. Celso Arrais Rodrigues da Silva.